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南明诸政权的兴亡
1644年下半年，清军在华北的进军相当顺利，华北大部很快成为新缔造的清帝国的领土。许多地方的居民已经在此前十多年各地盗匪和明军的拉锯交战中死伤惨重，残余的居民热切地期待新和平的到来，不管带来这种和平的是否是汉族人。对于各地官员来说，清军是为不幸的思宗皇帝复仇而来，这使得他们的投降有了正当的理由，而对那些曾向李自成投降的官员来说，就更没有理由拒绝为清廷效命了。218更令人鼓舞的是，在1644年下半年新政府出台了一系列政策，废除或降低了明朝多项沉重的税赋。219这赢得了农民和小地主的支持，从而将新帝国建立在了一个牢固的根基上。
南方人的想法则完全不同。在北方政治局势天翻地覆的几年中，诸南部省份仍然保持了和平甚至繁华，但此刻南方人不得不面对北京的中央政府覆灭后的危机。北京沦陷后不久，1644年6月19日，南方的主要官员迎接思宗的堂兄弟朱由菘为皇帝，即弘光帝，因而在南京重建了明朝政府。这一临时政府在出兵北伐以收复北方和单纯防御以保有华南之间犹豫不决。最后他们认为李自成才是自己最危险的敌人，而清朝是可以协议和平的潜在盟友。史可法统帅南明的主力军队在扬州驻扎，但并没有北上的意图，只是梦想等到清军消灭李自成后，可以顺利地恢复故土。
清军此时也的确在追剿李自成。在占领山西后，英亲王阿济格和吴三桂的军队便直扑西安。在1645年初，清军用大炮轰开了潼关的关隘，李自成被迫放弃西安，退向湖北。他的死敌吴三桂在背后紧追不舍，每一次交战李自成都会损失一些兵力，连他所宠爱的陈沅也被吴三桂在战乱中夺回了。220最后在湖北东部九宫山他被吴三桂重重围困。当年9月，他最信赖的部下胡逸之带着一具很像李自成的尸首去见吴三桂，告诉他李自成已经被自己所杀。吴三桂相信了这一点，对胡逸之。不仅赦免了他的罪行而且加以赏赐。但事后知道，李自成是在胡逸之的掩护下悄然逃走了。221
尽管如此，如今大顺政权也已彻底覆灭，清廷可以腾出手来对付东南部的敌人们。多尔衮的弟弟多铎率领大军南下，首当其冲的是在山东东部的袁承志“山宗”军团。此地自1643年的泰山会议以后就被袁承志部下的山宗及山东盗匪集团所占领，在鼎盛时期大约有两万人的军队，其中包括许多知名武术家。在离开北京后，袁承志不久后来到这里，成为一支独立军事力量的首领。在西部流窜的大顺政权和南京重建的明政权之间采取了暧昧的态度。
在1645年春，既然清朝南下的趋势已经越来越明显了，袁承志和史可法的军队也结成了抵抗清军的联盟，八旗军对山宗军的几次进攻都被击退，但袁承志的实力也损耗很大，仅能自保，而无力援救南方。很快他和南明政府的联系就被南下的清军分隔开来。
袁承志最初还抱希望于和史可法联合，对清军进行腹背夹击，但南明的孱弱出于他的意料。这一临时政府在内部党争和兵变的折磨下仅能勉强维持自己的存在。清军前锋在5月中旬到达扬州附近，于19日夜里开始攻城，第二天城防就被攻破。史可法被擒获后拒绝投降，被多铎处死。在随后十天里清军实施了残酷的抢劫、奸污和屠杀，据当时人们估算，有八十万人死于这场臭名昭著的屠城。
这次屠城也是对企图抵抗者的警告，南京政府透彻地理解了这一点。此后多铎大军没有再遇到严重的抵抗，到了6月16日，南京打开城门向多铎投降。出逃的弘光帝被俘虏，并于次年被处决。
在摧毁了号称明朝正统的南京政府后，多铎开始腾出手来对付山东的袁承志，在其向南方进军时后方曾受到后者的严重干扰。在当年夏天，袁承志的军队在山东沿海地带被清军层层围困，他高明的武术造诣在此作用甚微。在袁承志濒临绝境时，渤海派的首领洪胜海调来了一批船只，带着袁承志和他的亲随离开中国大陆，远赴南中国海。在那里，他们抢夺了西班牙人所占据的、狭长的巴拉望岛（Palawan），此地在今天仍然以风光美丽而著称。222据说后来郑成功在1659年的南京战役时曾经和他联系，但袁承志已经满足于在海外的快乐生活，不愿再返回大陆。
大顺和南京政权的灭亡，以及袁承志从大陆撤退，这些标志着清朝在中国本部的统治已经初步稳固。现在多尔衮决心开展下一步的巩固措施。他发布了恶名昭著的“剃发令”，这一政策要求全国的汉族居民像满洲居民一样剃掉前额的头发，并将头发扎成发辫。对于汉族人来说，这不仅是对他们生活方式的粗暴干涉，也意味着被野蛮人所同化，即使在蒙古统治时期也没有过这种非分的要求。但满洲统治者却认为这是检验汉族臣民是否顺服的重要标准。这一命令引起了各阶层汉族人民的狂怒，新的激烈冲突不可避免地发生了。